《Fairy gone 第一季》的故事发生在一个妖精与人类共存的世界。少女天野乃乃香原本过着平凡生活，却因妖精的出现被卷入了危险之中。在关键时刻，她被神秘的妖精使卡莉娜所救。卡莉娜隶属于专门处理妖精相关事务的组织。乃乃香发现自己拥有特殊能力，随后加入了这个组织。在执行任务过程中，她们遭遇了各种类型的妖精和敌人。有企图利用妖精力量达成邪恶目的的势力，也有因妖精引发的社会矛盾。乃乃香在一次次战斗中逐渐成长，与卡莉娜等同伴建立了深厚的情谊，共同为维护人类与妖精世界的和平而努力。